E-fatura mükellefi, GİB'in e-fatura sistemine kayıtlı olan ve elektronik fatura alıp gönderebilen işletmedir. Belirli ciro eşiklerini aşan veya belirli sektörlerde faaliyet gösteren işletmeler için e-faturaya geçiş zorunludur.
Fatura keserken alıcının mükellef olup olmadığı VKN/TCKN üzerinden GİB kayıtlarından sorgulanır: mükellefse e-fatura, değilse e-arşiv kesilir. Bu sorguyu her satışta elle yapmak pratik değildir; otomasyon sistemleri sorguyu kesim anında kendileri yapar.
Mükellefiyet sorgusu fatura tipini belirleyen ilk adımdır ve hatalı sonuç doğrudan yanlış belgeye yol açar. Sorguda kullanılan VKN/TCKN'nin biçimsel olarak geçerli olması yeterli değildir; kurumsal alıcıda unvan ve vergi dairesinin de kayıtla tutarlı olması beklenir. Pazaryeri siparişlerinde alıcı kurumsal fatura talep ettiğinde bu bilgiler serbest metin sipariş notundan değil, doğrulanmış alanlardan alınmalıdır.